手把手教你通过重测序寻找外源基因插入位点
在做转基因动植物时，相信许多实验室的小伙伴们都遇到过＂我转成功了吗？＂我转到哪儿去了？＂这样的困惑，那么，你是否还在传统的酶切，PCR扩增，构建载体，然后一代测序等分子实验技术来做验证
你是否知道，利用重测序的方式检测外源基因的插入与否以及确定外源基因插入位点则是一个非常不错的选择呢。来来来，听小编给你娓娓道来。。。
01外源基因插入位点检测原理
将测序reads比对到参考基因组和外源序列，根据比对结果文件找出下列两类reads：
第一类：一端reads比对上参考基因组序列，另一端reads比对上外源序列；
第二类：两端中任何一端reads一部分序列比对上参考基因组序列，另一部分比对上外源序列。
检测原理示意图如下：
图1橘色部分为外源序列，绿色部分为参考基因组。需要从比对结果中找出上面的两类reads，其中第二类reads可以准确定位插入位点。
02外源序列插入位点的检测步骤
１）对下机原始数据进行过滤得到cleanreads；
２）将外源序列与参考基因组序列进行合并得到ref.genome.fa文件；
３）Cleanreads与上述fa文件进行比对得到sam文件；
４）将外源序列与参考基因组进行比对，排除同源性的影响；
５）评估外源序列的测序深度和覆盖度；
６）从bam文件中筛选出比对到外源序列的reads，进行组装；
７）组装序列与外源序列进行比对，评估组装结果；
８）组装序列与参考基因组进行比对，确认插入位点。
03
具体步骤介绍
1）下机原始数据会包含adapter，一些低质量的reads以及adapter污染的reads，一般使用fastqc进行质控，利用cutadapt（
